工程预算审计是一项科学性、专业性、基础性和实践性较强的系统管理工作。文章总结了工程预算审计方法的经验，为审计工作人员在工程审计过程中提高审计效率和审计报告的准确性，提出了自己的一些见解和建议现代审计是一个搜集和储备信息、并在大量的信息中分析寻找与审计目标相关的有价值的信息，即审计找线索和方法的过程。只有寻找到有价值的线索和方法，才能进一步揭示与查处重大违法违纪问题。工程预算审计是一项科学性、专业性、基础性和实践性较强的系统管理工作。因此，审计人员应不断研究审计方法，注意发现审计线索。
工程预算审计方法还有很多各有各的优缺点 ，要提高审计效率，关键是要会选择。政府投资项目范围广泛 ，各项目的建设难度、标准也不一致。另外，政府工程经常受到人为因素和自然条件的影响，往往建设时间长，存在较多的设计变更和现场签证 ，有的项目在审计时已经发生变化 ，甚至无法进行现场取证。这些因素决定了工程预算审计具有多样性、复杂性和风险性。因此，选择审计方法时，既要考虑不同的审计阶段和审计内容，还要结合审计目标，注意审计方法之间的交叉使用和外部审计条件的许可，做到有的放矢、科学使用。
工程预算当招标人仅要求总承包人对其发包的专业工程进行总承包管理和协调时，总承包服务费按相应专业工程估算造价的1.5%计算。当招标人要求总承包人对其发包的专业工程进行总承包管理和协调，并同时要求提供配合服务时，总承包服务费根据招标文件中列出的配合服务内容和提出的要求，按相应专业工程估算造价的3%～5%计算招标人自行供应材料、工程设备的，总承包服务费按招标人供应材料、工程设备价值的1%计算。单价措施项目人工费)×10.25%。编制高投标造价价和投标报价时，暂列金额应根据招标工程量清单中列出的金额填写。暂估价是指招标人在招标文件中提供的用于支付必然发生但暂时不能确定价格的材料、工程设备的单价以及专业工程的总价。包括材料暂估单价、工程设备暂估单价、专业工程暂估价。
承包工程合同签定不规范，工程结算计价难以确定。工程预算在审计过程中发现，建设、施工双方承包工程合同签订不规范。在签订合同时不按投标文件的内容逐一填写，尤其是建筑规模和中标价，存在少填或者不填的现象，给工程计价取费留下活口，目的是为了竣工后高报工程结算价格打下伏笔，使得原本十分严肃的合同失去约束作用，建设单位失去了对施工单位工程报价的有效监督，容易造成决算价格偏高。同时，给工程结算造价审核带来难度和风险。